O plugin não tem tela de configuração própria: ele detecta o marketplace sozinho. Depois de ativar e licenciar:
- Confira se cada vendedor tem o CEP de origem. Veja CEP de origem por vendedor.
- Confira se a zona de entrega tem os métodos que você quer oferecer (Correios, Melhor Envio etc.) em WooCommerce > Configurações > Entrega.
- Coloque no carrinho produtos de dois vendedores e vá ao checkout. Deve aparecer um frete para cada vendedor.
Os produtos cadastrados pela própria loja (sem vendedor) formam um pacote à parte, com o CEP da loja.
Opções
Em WooCommerce > Configurações > Entrega > Opções de entrega, seção Frete para marketplace:

- Modo de depuração: grava o passo a passo do cálculo. Veja Modo debug e logs.
- Vendedores sem CEP de origem: lista quem precisa cadastrar o CEP. Só aparece quando há algum.
- Envios por vendedor: só com WCFM. Veja Configuração do WCFM.