Desde a versão 2.5.0, o reembolso do pedido devolve o Pix ao cliente pela sua conta no Inter. Vale só pro Pix: boleto pago não é devolvido pelo plugin.
A aplicação no Inter precisa da permissão de escrita de Pix (pix.write). Sem ela, a devolução dá erro, mas Pix e boleto continuam funcionando no checkout.
- Abra o pedido em WooCommerce → Pedidos.
- Clique em Reembolso.
- Informe o valor. Pode ser menor que o total.
- Se quiser, preencha Razão do reembolso (opcional). O texto vai pro cliente junto com a devolução, até 140 caracteres. Em branco, vai "Devolução do pedido #número".
- Clique em Reembolso R$ … por Pix Banco Inter.

Reembolsar manualmente só registra o reembolso no pedido. Nenhum dinheiro sai da sua conta.
Resultado
O pedido ganha uma nota com o valor, o ID e a situação da devolução. Confira a conclusão no app do Inter antes de avisar o cliente.
Se só aparecer o botão manual, o pedido não tem um Pix pago registrado. Nesse caso, devolva pelo app do Inter.