Antes de tudo, marque Ativar Log em WooCommerce → Configurações → Pagamentos (seção Debug), repita o caso e veja WooCommerce → Status → Logs. Cada decisão do plugin fica registrada.
O estoque não reduz
Causa: gestão de estoque desligada na loja ou no produto. Como resolver: ligue em WooCommerce → Configurações → Produtos → Inventário e no campo de estoque do produto.
O pedido não é cancelado
Causa: o status do pedido não está em Status para cancelar, o prazo está vazio, ou o cron do WordPress não roda.
Como resolver: confira os status e os prazos. Lembre que o prazo geral conta da última alteração do pedido, não da criação. Os cancelamentos por forma de pagamento ficam em WooCommerce → Status → Ações agendadas (wc_stock_manager_cancel_single_order).
O estoque não voltou
Causa: o estoque daquele pedido não tinha sido reduzido (o plugin não devolve o que não tirou), ou o reembolso foi feito sem marcar a devolução ao estoque. Como resolver: veja as notas do pedido. Pra devolver à mão, use Restaurar estoque agora (Quando o estoque volta).
O estoque voltou duas vezes ou caiu duas vezes
Causa: outro plugin mexe no estoque fora das funções do WooCommerce. Como resolver: o plugin bloqueia duplicidade pelas funções do WooCommerce. Mande o log ao suporte com o nome dos outros plugins.